芽孢是芽孢杆菌属和梭菌属生长到必定阶段构成的一种抗逆性很强的休眠体结构，一般为圆形或椭圆形。

  芽孢壁厚、透性低，上色、脱色均较困难。因而，用上色力强的染色剂(如孔雀石绿)在加热条件下进行染色时，染料不光能够进入菌体，并且也能进入芽孢，进入菌体的染料可经水洗脱色，而进入芽孢的染色的染料则难以透出，若再用复染液(如沙黄水溶液)染色后，芽孢依然保存初染剂的色彩，而菌体被染成复染剂的色彩，即菌体和芽孢别离染成赤色和绿色易于区别。

  在芽孢染色的进程中最要害的操作是：加热。由于芽孢壁厚、透性低，所以芽孢难以上色，只要在加热的条件下，芽孢的浸透性发生了改变，染液才干浸透进入芽孢。因而在芽孢染色时，需求继续加热染料，使之冒蒸汽，但不能欢腾。加热染色时刻越长，芽孢染色越深。假如终究芽孢上色不行，多半是加热不行所造成的。

  5、用B液复染1min，水洗至水为无色。待枯燥后，至油镜调查，芽孢呈绿色，菌体呈赤色。