因为革兰阳性菌外层有较厚的细胞壁，其外层的主要成分为磷壁酸，染色液的结晶紫易于与革兰阳性菌细胞壁的磷壁酸结合上色，且不易被脱色，复红或沙黄不易上色，故革兰阳性菌染色为紫色；革兰阴性菌细胞壁很薄，阴性菌的外层为脂多糖，结晶紫与脂多糖结合上色不牢，易于被脱色，经沙黄或复红复染上色后，染色为赤色。

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